2019年7月，某市税务机关拟对辖区内某房地产开发公司开发的房产项目进行土地增值税清算。该房地产开发公司提供该房产开发项目的资料如下：
（1）2015年1月以8000万元拍得用于该房地产开发项目的一宗土地，并缴纳契税：因闲置1年，支付土地闲置费400万元。
（2）2016年1月开始动工建设，发生开发成本5000万元；银行贷款凭证显示利息支出1000万元。
（3）2019年6月项目已销售可售建筑面积的80%，共计取得不含税收入20000万元；可售建筑面积的20%投资入股某酒店，约定共担风险、共享收益。
（4）公司已按照3%的预征率预缴了土地增值税600万元，并聘请税务中介机构对该项目土地增值税进行审核鉴证。税务中介机构提供了鉴证报告。
（其他相关资料：当地适用的契税税率为5%，省级政府规定其他开发费用的扣除比例为5%，此题暂不考虑印花税，该房地产企业选择简易计税方法计算增值税）
要求：根据上述资料，按照下列序号计算回答问题，如有计算，需计算出合计数。
1.简要说明税务机关要求该公司进行土地增值税清算的理由。
2.计算该公司清算土地增值税时允许扣除的土地使用权支付金额。
3.计算该公司清算土地增值税时允许扣除的税金及附加。
4.计算该公司清算土地增值税时补缴的土地增值税。
5.回答税务机关能否对清算补缴的土地增值税征收滞纳金，简要说明理由。
正确答案及解析
正确答案
解析
1.房地产公司直接销售可售建筑面积已达到80%，剩余20%部分对外投资，视同销售。已完成全部销售，应进行土地增值税清算。
2.允许扣除的土地使用权支付金额=8000×（1+5%）=8400（万元）
3.收入合计=20000÷80%×（20%+80%）=25000（万元） 应缴纳的增值税=25000×5%=1250（万元） 允许扣除的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加=1250×（7%+3%+2%）=150（万元）
4.允许扣除的项目全额合计=8400+5000+1000+（8400+5000）×5%+150+（8400+5000）×20%=17900（万元）
不含税收入=25000（万元）
增值率=（25000-17900）÷17900×100%=39.66%
应缴纳的土地增值税=（25000-17900）×30%=2130（万元）
补缴的土地增值税=2130-600=1530（万元）
5.纳税人按规定预交土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
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